Az orgonák használatának kérdése a 16-18. században igen ellentmondásos az erdélyi reformátusoknál. Az ellentmondásosság a reformációig nyúlik vissza, amikor az új teológiai alapvetések nemcsak a dogmatikát, hanem a hangszerek templomi használatának kérdését is újraértelmezték.
Az orgona használatának kérdése a 12-13. századtól a reformáció koráig nem volt vita tárgya (1287-ben Milánóban még vitatkoztak annak templomi létjogosultságáról, de mint egyetlen liturgiai hangszert, megengedték templomi használatát), sőt az orgonaépítészet a virágkorát élte a reneszánsz idején. Erre a virágzásra dérként hatott a reformáció. Míg a római katolikusoknál már rég nem kérdés az orgona használata, addig a reformátorok sokszor központi kérdéssé nagyítják, s nemcsak a római katolikusoktól szakadnak el e tekintetben, hanem egymástól is.
Luther Márton kedvelte a zenét, és ennek többször hangot is adott. Közismert gondolata: a nemes zene (ének) az Isten beszéde után a legnagyobb kincs a földön. 1526-ban a Deutsche Messében azt fogalmazza meg, hogy az az Isten akarata, hogy az ő igéjét az embernek szükséges olvasni, énekelni, prédikálni, írni és verselni, és ahol ezt elősegíti és támogatja, ott hagyni kell, hogy a harang harangozzon, és minden orgona sípoljon, és minden csengő csengessen. Ezek után nem csoda, ha a Wittenbergi Teológiai Fakultás 1597-ben kijelentette: „ami […] az orgonát illeti, az isteni iratokból meg vagyunk győződve, hogy Istent hangszerekkel is dicsérik […] A hangszeres zene […] Istennek olyan ajándéka, amely képes arra, hogy az embernek kedélyét megváltoztassa”. Ennek egyetlen feltétele volt az, hogy olyan egyházi énekeket kell az orgonán játszani, amelyeket Isten dicsőítésére írtak. Az orgona ezenfelül bizonyos liturgikus csendet kell kitöltsön, amely csend alatt a gonosz „betörhet” az istentiszteletre.
Kálvin János már ennél radikálisabb álláspontot képviselt. Szerinte a zene Isten ajándéka, s így annak öncélú felhasználása bűn. A hangszerek használata ezért tiltott az istentiszteleten, mert a hangszerek ezt az öncélúságot segítik elő, hiszen az emberi természet olyan, hogy mindenre inkább figyel, mint Isten igéjére. Az éneklés azonban ajánlott, mert bizonyságtétel, dicséret, intő jel a bűnnel szemben, gyógyító a kísértésekben, a megszentelődés segítője. A legalkalmasabb műfaj a gyülekezeti éneklésben a zsoltáréneklés, de nem zárt ki más gyülekezeti éneket sem. Az instrumentális zene így nem talált otthonra Genfben, s a St. Pierre katedrálisban is csak 1756-ban szólalt meg először orgona.
A zürichi reformátor, Ulrich Zwingli még radikálisabb álláspontot képviselt. Bár a három reformátor közül ő volt zeneileg a legképzettebb, mégis az istentiszteleti rendből teljesen száműzte az éneket, a zenét: 1525-ben eltávolította a zürichi Grossmünsterből a karénekeskönyveket, 1529-ben pedig lebontatta az orgonákat. Hatása igen nagy volt, hiszen a Grossmünsterben a reformáció után csak 1876-ban építettek először orgonát, s azt is hasonló harcok árán, mint a római katolikus egyházban a kora középkorban.
Természetesen a magyar reformáció is magáévá tette ezeket a nézeteket, s ha nem is ennyire éles ellentétekkel, de a felfogásbeli különbségek a református egyházban is megmutatkoztak. Az 1567-es Debreceni Hitvallás Zwinglihez közeli állásponton van: „az Antikrisztus táncoltató miséjéhez alkalmazott hangszereket pedig, a képekkel együtt, kihányjuk, mivel azoknak semmi hasznok nincsen az egyházban, sőt jelei és alkalmai a bálványozásnak”. Az erdélyiek némiképp pozitívabban viszonyultak az orgonához, s bár többször nemtetszésüknek adtak hangot az orgonával kapcsolatosan, és ez gyakran helyi szinten tettlegességre is vezetett (Kolozsváron 1565-ben a Szent Mihály templomból eltávolították az orgonát), arra nincs írásos emlék, hogy teljesen kitiltották volna a hangszert a templomokból. Az biztos, hogy az egyházi vezetés nem nézte jó szemmel az orgona templomi használatát, és sok templomban le is szerelték azokat.
Az orgonával kapcsolatos ellenérzések nem lanyhultak, bár az országban igen elterjedt már más felekezeteknél az orgona, s maga Bethlen Gábor sem idegenkedett tőle. 1626 karácsonyát Lőcsén töltötte és a Szent Jakab templomban vett részt a karácsonyi istentiszteleten. Akkor csodálhatta meg az éppen elkészült új orgonát is, melyet Hans Hummel krakkói orgonaépítő többedmagával 1624-ben fejezett be. 1628-ban levelezésbe is kezdett a lőcsei tanáccsal, hogy az ottani orgona készítőit Gyulafehérvárra hozathassa egy új orgona elkészítésére. A megállapodás végül nem jött létre, s a fehérvári orgonát 1629-ben más mesterektől rendelte meg. Az év novemberében bekövetkezett halála miatt nem érhette meg az orgona befejezését. Egyébként ezért az „eretnekszagú műpártolásért” többen „szimulálással”, a katolikusok felé kacsintgatással vádolták. Bethlen Gábor özvegye, Brandenburgi Katalin az orgonaellenes egyházi vezetőknek engedve 1630-ban leszereltette a gyulafehérvári székesegyház félkész orgonáját, és a szebeni lutheránusoknak ajándékozta. Geleji Katona István (1633-tól erdélyi püspök) az 1636-ban megjelent Öreg Graduál előszavában elmarasztalóan nyilatkozik az orgonáról: „ha az újtestámentumi ecclesia hétszáz esztendők alatt […] az orgonának bőgések […] nélkül ellehetett, most immár annál inkább ellehet. […] Jobb volna azért azokot a nagytömlő furulyákot és sok süvöltőjű fúvókot, ahol vagynak is, a templomokból kihányni és a kovácsok műhelyében adni” – idézi Dávid István Műemlék orgonák Erdélyben című könyvében (Kolozsvár, 1996).
A 18. században minden ellenzés mellett az erdélyi reformátusokat is elérte az orgonaépítés divatja, s több egyházközségben (egyelőre a tehetősebb vagy patrónusok támogatta gyülekezetekben) a század közepe után nem sokkal már állt az új vagy vásárolt orgona (Köpec 1756, Kézdivásárhely 1757, Erdőfüle 1760). 1758-ban Borosnyai Lukács János püspök így panaszkodott: „Másszor is mondottam, élő s építő orgonákat, jó papokat alig tarthatnak eklézsiáink, s némellyik koldul temploma tornya reparatiojára [javítására] (mint a sepsiszentgyörgyi) s orgonát s orgonistát tart. Mit épít a sok illiteratus [írástudatlan] ember között az a zengés, mellyel az értelmes éneklésnek hallását is elölik a tudatlan községben. Ollyan hellyekre való az orgona, ahol mindenik hallgatónak könyv van a keziben, s érti s tudja az éneklésnek argumentumát” [módját]. Az 1761-es bögözi zsinaton azt fájlalják, hogy „az újságokon kapdosó emberi elme, amelynek álma sem édes, míg ő is meg nem szerzi azt, amit másoktól látott, ha szintén azzal több kárt teszen is, mint hasznot, a Háromszéki egyházi Communitasban [közösségben] az orgonával való éneklést egy eklézsia propria auctoritate introducálván [önhatalmúlag bevezetvén] más eklézsiákot is megigézett, és már mind a négy tractusokban [egyházmegyékben] az orgonák szaporodni kezdettenek”. A század folyamán úgy elterjedt az orgona használata a székelyföldi reformátusoknál, hogy a zsinat már nem tehetett egyebet, minthogy a „törvényen kívüli” állapotot szabályozta, s ha nem is tilthatta be, de legalább megnehezítette a hangszerek beszerzését. Így, ha egy egyházközség orgonát akart építeni, nem volt szabad azt az egyház kasszájából finanszíroznia, hanem arra külön gyűjtést kellett szerveznie. Nem lehetett az orgonálni nem tudó iskolamestereket állásuktól megfosztani, hanem külön orgonistát kellett alkalmazni. Azt a zsinat is tudta, hogy az orgona „igen könnyen bomló s romló muzsika”, s azt is meghatározták, hogy ha valamelyik egyházközségben elromlik az orgona, „ne corrigáltassák [javíttassák] az eklézsia közönséges pénzével, hanem akkor is magok tulajdon költségeken fogadjanak mesterembert”. A zsinat tisztában volt azzal, hogy az orgonajavítás nem olcsó (annak csak egyszeri „elhányása s egyberakása” is drága szokott lenni), s vagy az eklézsiát próbálták megmenteni a nagy költségektől, vagy ezzel a határozattal próbálták visszaszorítani a hangszer elterjedését.
A század közepétől kezdve szinte minden tehetős gyülekezet orgonát vásárolt vagy készíttetett magának, de a szegényebb eklézsiáknak is lett orgonájuk, ha a patrónusuk zenekedvelő ember volt, és áldozott a hangszerre.
Néhány orgona megjelenési sorrendje: Bögöz 1761, Felsőboldogfalva 1762, Kolozsvár 1765, Torda 1768, Szilágysomlyó 1769, Bonyha 1770, Kolozsvár-Alsóváros 1775, Rugonfalva 1776, Bágy 1777, Marosvécs 1777, Déva 1778, Dés 1780 stb.
Az idősebb nemzedék tagjai azonban még később is furcsállották a reformátusok nagy orgonaépítési kedvét. Amikor Marosvásárhelyen 1790-ben megépült az orgona, Kovásznai Tóth Sándor idős kollégiumi professzor azt mondta, hogy Marosvásárhely csináltatott magának egy fakántort, jó volna már, ha egy fapapot is csináltatna.
Bár néhány orgonaszakértő a 19. századot az orgonaépítészet szempontjából, némi joggal hírhedtnek nevezi, és a nyugat-európai orgonaépítés visszafejlődéséről beszél, addig Erdélyben virágzott az orgonaépítészet. A 19. század elején még a szász mesterek uralták az orgonaépítés területét, de a század közepén már az erdélyi magyar orgonaépítőket bízták meg a reformátusok új orgonáik megépítésére. A század közepén költözött Erdélybe, Kézdivásárhelyre a szabadkai születésű (egyesek szerint horvát származású) Kolonics István, aki több mint 200 orgonát épített szerte az országban, de külföldön is megtalálhatók munkái. A Kolonics-tanítvány Takácsy Ignác Marosvásárhelyen rendezte be műhelyét, és itt dolgozott a magyarigeni származású Szabó János és tanítványa, Vass István is. Vásárhelyi mesternek számít Blahunka Lajos, és Bodor Péter is itt épített meg néhány orgonát. Simon László Kolozsváron rendezte be műhelyét. A század vége felé indította temesvári műhelyét Wegenstein Rudolf, Brassóban Cioflek és társai, s a századforduló után a pécsi Angster József, Rieger Ottó (Budapest), Országh Sándor (Újpest), Kerékgyártó István (Debrecen) és Szalay Gyula (Székesfehérvár) orgonaépítők is betörtek az erdélyi piacra. Wegenstein 58, Angster 86, Országh 30 erdélyi orgonát tudhat magáénak. A századforduló technikai változtatást is hozott magával. A 19. század vége felé igen elterjedt a pneumatikus traktúraszerkezet (a billentyűket, a játszóasztalt a szélládával, szelepekkel, sípokkal összekötő szerkezet), s ettől kezdve, ahogy Friedrich Jakob orgonaszakértő fogalmaz, minden orgonaépítő a szabadalmi hivatal okiratával büszkélkedett, és orgonáikat teletömték kétes értékű játéktechnikai segítőkkel. Való igaz, a pneumatikus rendszer óriás orgonák megépítését tette lehetővé, ám ezek technikailag messze alulmaradtak a klasszikus mechanikus rendszerű hangszereknél. Az idő a mechanikus traktúrával építkező orgonamestereket igazolta, hiszen a pneumatikus rendszerű erdélyi orgonák szinte mindegyike kisebb-nagyobb hibákkal küzd vagy teljesen használhatatlanná vált. A pneumatikus rendszer állandó karbantartást igényel, s erre az utóbbi 60 évben nem volt lehetőség. A magyarországi mestereket a századfordulón megbízó egyházközségeknek mind pneumatikus orgonáik vannak. Különben Wegenstein is előszeretettel használta ezt a szerkezetet.
Az első világháború óriási érvágást jelentett az erdélyi orgonaépítészetnek. Egyrészt senki sem rendelt már orgonát, másrészt a meglévő orgonák döntő többségének fémsípjait háborús célokra rekvirálták. 1917 októberében a Magyar Királyi Honvédelmi Minisztérium rendeletet bocsátott ki, miszerint még annak az évnek novemberében meg kell kezdeni az orgonák ón ill. ónötvözeteiből készült sípjainak begyűjtését. A rendelet alól csak a különleges művészettörténeti értékű orgonák képeztek kivételt. Az 1850 után készült orgonák semmiféle módon nem kerülhettek a felmentendő orgonák listájára. A rendelet minden törvényesen elismert vagy el nem ismert felekezetet érintett.
A begyűjtés úgy kellett történjen, hogy az orgonának használhatósága legalábbis korlátolt mértékben megmaradjon. A begyűjtés során a legtöbb esetben a homlokzati sípokat vitték el, hiszen ezek voltak a legméretesebbek, és sok orgona esetében egyedül ezek készültek fémből.
Az első világháború után minden egyházközség igyekezett orgonája hiányzó sípjait pótolni, a hangszert megjavíttatni, de mire sok egyházközség a munkát befejezte, kitört a második világháború, és rengeteg orgona újból a rekvirálás ill. a román és orosz bevonulások, átvonulások áldozata lett.
Az 50-es évek politikai, gazdasági helyzete nem kedvezett az erdélyi orgonaépítésnek sem, és az orgonaépítések, javítások száma a nullához közelített. A hatvanas évekkel kezdődően a használhatatlan és alapos javításra szoruló orgonákat Mesnyi János marosvásárhelyi orgonaépítő szűk lehetőségeit teljesen kihasználva igyekezett megjavítani. Az 1990-es évekig református berkekben szinte ő az egyetlen orgonaépítő, aki érdemben tudott foglalkozni az orgonákkal. A ’80-as években kezdődik Molnár József nagyváradi orgonaépítő munkássága, s azóta egyre több orgonaépítő dolgozik Erdélyben, ezzel az orgonaépítés, de főleg a javítás és restaurálás a reneszánszát éli napjainkban.